慕课的重要性毋庸置疑，但不应过分夸大慕课作用，要清楚认识慕课本身存在的“短板”。 正如比尔 • 盖茨所言慕课提供了改善全球教育的学习平台，但这种教育方式并不适用于所有学生。
1．慕课教育不能完全替代大学教育。 大学教育除具有知识传授的这种人才培养功能外，还具科学研究、社会服务和文化引领三大功能。 这种文化和社会关系的传承作用是慕课模式不能及的。悉尼大 学校长迈克尔•斯宾塞认为，美国一流大学的教育 资源流入中国后，会对一些学校造成影响，但中国的大学有自己的生命力，这一冲击将会有多大的影响仍未可知。
2．慕课大规模性很适合大学的知识传承类公共基础课的学习，对于某些专业课特别是试验实践性的课程则不宜采用。
3．慕课应该更适合高等教育，中小学教育不太适用全课程学习。因为中小学不仅是知识的传授过程，更是人格与道德的养成过程。2013 年8 月13 日，清华大学附中等20所顶尖高中共同发起的C20 慕课联盟能产生多大波澜，让我们试目以待。
4．注册学习人数可能爆满， 但通过率极低。以斯坦福大学著名《人工智能》课程为例，在线注册学习人数近16 万人，但完成课程的仅有7157 人，通过率只有5％左右。原因在于慕课课程的门槛低， 而参与学习者的经验和水平迥异，再加上慕课学习模式对学生的主动性和自控能力较高，种种因素导致这种情况的出现。
5．在诚信体系尚待进一步规范的情况下，如果慕课课程学分和大学课程学分等同，如何保证学习 者和考试者为本人又成为一个不容回避的现实问题。
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